Pada tahun 1893 dibagun sebuah stasiun yang bernama Stasiun Bondowoso dan diresmikan 1 Oktober 1897, yang merupakan lanjutan dari jalur Bangil-Pasuruan-Probolinggo yang beroperasi dari tahun 1884. Namun pada tahun 2004 Stasiun Bondowoso dan jalur Panarukan- Bondowoso dinonaktifkan dikarenakan prasarana yang sudah sangat tua. Stasiun ini merupakan saksi bisu terjadinya peristiwa pada tanggal 23 November 1947 yang dikenal sebagai peristiwa Gerbong Maut yang dimana 46 pejuang dari 100 pejuang yang menjadi tawanan Belanda gugur kala itu dikarenakan panasnya udara saat itu karena gerbong tertutup lebih parahnya lagi pejuang itu ternyata di masukkan kedalam gerbong barang yang gerbong tersebut berjumlah 3 buah gerbong. Sebagai penghormatan kepada para pejuang terutama yang gugur dalam peristiwa Gerbong Maut tersebut dijadikanlah museum yang diresmikan pada tanggal 17 Agustus 2016. Waktu operasional museum ini Senin-Minggu dari jam 8 pagi hingga jam 5 sore dan memiliki fa